how far is it from A to B?

这里的from A to B 是在句子中干什么 ？和it的关系是什么？与How far is B from A的不同之处呢？

两句中都是 far 作表语。直观剖析，用具体的里程替代形容词 far：
It （主）is （系）three miles （表）from my school to the station.（状）
Our school （主）is （系）three miles （表）from the station.（状）

假如说不同的话，就是两句的主语不同。前者用表示“距离”定义的虚拟主语 it 作主语（也有 it 是代词表示距离一说），后者用地址名词作主语。